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Dernière mise à jour : Mai 2018

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UMR1348 PEGASE

Analyse de données biologiques hétérogènes pour prédire l’efficience alimentaire

03 juin 2020

Analyse des données biologiques hétérogènes par exploitation de graphes multicouches pour comprendre et prédire les variations d’efficacité alimentaire

Environnement de travail

L’équipe Croissance au sein de l’UMR Pegase s’intéresse à la régulation des processus biologiques impliquées dans le contrôle de caractères liés à l’efficience alimentaire, comme le gain de poids, l’adiposité corporelle, le taux de muscle et l’indice de conversion des aliments.

Missions et activités confiées

L’efficience alimentaire correspond à la valorisation des ressources alimentaires par l’animal qui les transforme notamment en gain de poids. C’est un phénotype clé car il aboutit à une épargne des ressources et à une réduction des rejets dans l’environnement, mais également complexe au sens où un grand nombre de voies biologiques le détermine. Aussi, il est important d’identifier les éléments jouant un rôle pivot dans le contrôle de ce phénotype, et notamment les interdépendances entre les entités participant aux voies biologiques sous-jacentes. Il s’agit de développer des méthodes et études pour déduire la structure de dépendance des données produites par des technologies d’analyse du vivant à différentes échelles (transcriptome, métabolisme, etc.) pour identifier les régulateurs clés et les sous-réseaux importants. L’hypothèse de travail est que l’on peut mieux définir les relations lorsqu’on associe les données expérimentales avec des données de connaissances balayant différents niveaux d’organisation biologique, permettant de combler les trous dus aux méthodologies expérimentales et de distinguer la co-régulation de la co-expression entre entités biologiques. Les méthodes relèvent de la statistique pour l’étude de corrélations entre entités biologiques et de la fouille de données (théorie des graphes d’influences, graphes multicouches).

Le co-encadrement est assuré par des biologistes et des bio-informaticiens avec une cotutelle de thèse INRAE-Université Rennes 1-Inria (Irisa)
Site Web de l’unité : https://www6.rennes.inrae.fr/pegase/

Formations et compétences attendues

  • Formation recommandée : master 2 ou diplôme d’ingénieur  
  • Connaissances souhaitées : formation préalable en (bio)informatique avec un intérêt pour le domaine d’application en biologie, ou bien une formation en biologie mais avec un fort attrait pour le traitement de données
  • Aptitudes recherchées : assiduité, intérêt pour les données, intérêt pour le travail en équipe

Modalités d’accueil

  • Unité d’affectation : UMR Pegase
  • Adresse du lieu d’exercice : Saint-Gilles (35590) et Rennes (35042)
  • Centre INRAE de rattachement : Bretagne-Normandie
  • Type de contrat  : thèse
  • Durée du contrat : 36 mois
  • Date d’entrée en fonction : 01/10/2020
  • Rémunération  : 1750 €
  • Date limite pour postuler  : 30/06/2020

Modalités pour postuler

  • Transmettre une lettre de motivation et un CV à Florence Gondret
  • Coordonnées e-mail : florence.gondret@inrae.fr
  • Téléphone : 02 23 48 57 52