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Dernière mise à jour : Mai 2021

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UMR1348 PEGASE

Offre de stage de fin d’études

11 août 2022

Étude du déterminisme génétique des compromis entre fonctions, application à la persistance de ponte et l’état des réserves corporelles chez la poule.

Contexte du stage

L’institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) se positionne parmi les leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes. L’unité mixte de recherche Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Élevage (UMR Pegase) est située en Bretagne, à 10 km de Rennes, à Saint-Gilles. Des agents INRAE et Institut Agro y mènent des recherches et dispensent des formations en biologie animale et système d’élevage. Au sein de l’unité, des chercheur·e·s de l’équipe Génétique et Génomique étudient le déterminisme génétique de l’adaptation des poules pondeuses à des environnements d’élevage innovants et durables.

L’un des défis majeur de la filière de production des œufs est d’allonger la carrière des poules pondeuses, pour des questions éthiques, environnementales et économiques. En effet, au-delà de 70 semaines d’âge le nombre d’œufs pondus chute, et les éleveurs observent que certaines poules pondent sans arrêt, quitte à s’épuiser, alors que d’autres ne pondent plus et constituent des réserves corporelles. Ceci suggère une compétition entre une fonction de production, ici la ponte, et une fonction d’entretien, ici l’accrétion de réserves lipidiques. Or, très peu d’études scientifiques ont documenté la ponte au-delà de 70 semaines et ce phénomène de compétition. Afin de produire des connaissances sur ce problème, l’équipe est impliquée dans un projet européen nommé Genome and Epigenome eNabled breedIng in Monogastrics (Geronimo ; https://www.geronimo-h2020.eu/) qui a permis le financement d’une expérimentation sur l’allongement des carrières des poules pondeuses. Dans le cadre de ce projet, et en particulier de l’axe Genetics and Epigenetics in efficient livestock production traits nous proposons un stage d’analyses originales des données collectées.

Missions confiées

Habituellement, pour étudier les compromis entre fonctions, les généticiens calculent des corrélations génétiques, qui indiquent la part génétique commune de deux caractères, et donc des besoins communs en processus biologiques et en ressources. L’inconvénient de cet indicateur est qu’il concerne une population. Or, nous savons que les individus d’une population vont mettre en place des compromis différents. Afin d’étudier la variabilité inter-individuelle des compromis, nous avons mis au point des indicateurs individualisés, basés sur la théorie de l’acquisition et l’allocation des ressources.
L’étudiant·e aura pour mission de calculer ces indicateurs sur les données issues de l’expérimentation, puis d’étudier le déterminisme génétique de ces derniers, c’est-à-dire :
1. d’estimer leurs héritabilités ;
2. d’estimer leurs corrélations génétiques avec les autres caractères zootechniques ;
3. d’identifier des régions du génome qui contribuent à la constitution de ces caractères et qui pourraient abriter des mutations causales (e.g. GWAS : Genome Wide Association Study).

Ce stage est l’occasion de découvrir la recherche en génétique animale, et d’apprendre la démarche scientifique en : cernant la question à traiter, menant la recherche bibliographique, l’analyse des données (e.g. R), et les calculs génétiques (e.g. ASREML), en rédigeant un document scientifique et en participant à la vie de l’équipe de recherche.

Profil et compétences recherchées

  • Intérêt pour l’amélioration génétique des capacités d’adaptation des animaux d’élevage.
  • Intérêt pour l’analyse de données.
  • Cursus ingénieur agronome ou Master. Stage de césure possible.
  • Possibilité de réaliser ce stage en anglais.

Modalités d'accueil et contact

  • Indemnité de stage : 570 € par mois environ (selon gratification horaire minimale en vigueur en janvier 2023).
  • Lieu du stage : INRAE, UMR Pegase, 35590 Saint-Gilles.
  • Restauration le midi possible au restaurant INRAE au tarif subventionné.
  • Accès possible en transport en commun depuis Rennes.
  • Durée / période souhaitée : 6 mois de janvier à juin 2023.
  • Premier contact par mail uniquement (nicolas.bedere[at]inrae.fr) avec CV et lettre de motivation.