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Le déterminisme génétique des caractères de production et de qualité des œufs

Depuis plusieurs décennies, les poules pondeuses ont été sélectionnées sur certains caractères de production et de qualité des œufs et les performances ont été améliorées. Toutefois, les zones du génome, appelées Quantitative Trait Loci (QTL), affectant ces caractères quantitatifs restent encore mal connues (Romé et Le Roy, 2016). Par ailleurs, s’il est établi que l’environnement joue un rôle sur certains caractères, l’existence d’une expression variable des QTL en fonction de l’environnement est rarement envisagée dans les études visant à détecter des QTL.

Une localisation plus fine des QTL grâce à une puce haute densité

Le développement d’une puce portant 600 000 marqueurs du génome de la poule par Affymetrix, la puce 600K SNP Affymetrix® Axiom® HD (Kranis et al., 2013), a permis d’envisager une localisation plus fine des QTL déjà identifiés et même de détecter de nouveaux QTL. Ainsi, le but premier de cette étude était de détecter les QTL influençant les caractères de production et de qualité des œufs dans une lignée de poules pondeuses en utilisant cette puce haute densité. Un second objectif était d’observer si les QTL détectés varient en fonction de l’environnement. Pour cela, les poules pondeuses étudiées ont été séparées en deux groupes et nourries avec deux régimes alimentaires différents.

Des voies métaboliques différentes pour s’adapter à l’environnement

Cent trente et un QTL ont été détectés par leur influence sur les caractères de production et de qualité des œufs. Ils sont répartis sur 27 chromosomes, 2 groupes de liaison et un ensemble de marqueurs non encore positionnés sur le génome de la poule. Parmi ces 131 QTL, 48 sont en interaction avec le régime alimentaire reçu par les poules, c’est-à-dire que leur effet sur les caractères varie significativement en fonction de l’alimentation. Il faut toutefois noter que les distributions des performances moyennes des poules dans les deux régimes alimentaires sont très proches. Les poules pourraient donc s’adapter à leur environnement d’élevage en utilisant des voies métaboliques différentes leur permettant de maintenir leur niveau de production.

Impact à préciser sur la sélection génomique

Il faut maintenant préciser si ces interactions entre génome et environnement ont, ou non, des répercussions sur le choix des reproducteurs parmi un ensemble de candidats à la sélection, les meilleurs candidats pouvant potentiellement être différents en fonction du milieu d’élevage. L’existence de QTL « instables » pose également la question de l’expression de ces derniers chez les animaux commerciaux croisés.

Références bibliographiques

• Kranis A., Gheyas A.A., Boschiero C., Turner F., Yu L., Smith S., Talbot R., Pirani A., Brew F., Kaiser P., Hocking P.M., Fife M., Salmon N., Fulton J., Strom T.M., Haberer G., Weigand S., Preisinger R., Gholami M., Qanbari S., Simianer H., Watson K.A., Woolliams J.A., Burt D.W. (2013). Development of a high density 600K SNP genotyping array for chicken. BMC Genomics 14: 59. [DOI]
• Romé H., Varenne A., Hérault F., Chapuis H., Alleno C., Dehais P., Vignal A., Burlot T., Le Roy P. (2015). GWAS analyses reveal QTL in egg layers that differ in response to diet differences. Genetics Selection Evolution 47: 83. [DOI]
• Romé H, Le Roy P. (2016). Régions chromosomiques influençant les caractères de production et de qualité des œufs de poule. Inra Productions Animales 29(2): 117-128. [Lien]