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La sélection génomique a révolutionné le monde de la sélection bovine en quelques années. Les sélectionneurs avicoles se sont naturellement posé la question de l’intérêt pour eux d’entrer dans cette démarche. Des travaux sont actuellement en cours pour optimiser les schémas de sélection génomique avicoles. Un paramètre clé de cette optimisation est de prédire correctement la précision de l’évaluation génomique.

Étude de la structure du déséquilibre de liaison

Les études menées chez les mammifères montrent que la précision de l’évaluation génomique dépend fortement de la structure du déséquilibre de liaison et que les formules théoriques de prédiction de cette précision sont à utiliser avec discernement. Les génomes aviaires se caractérisant par une structure très hétérogène, la confrontation de prédictions théoriques avec des données réelles de précision pourrait être riche d’enseignements.
Le travail de thèse  consiste à évaluer, sur un jeu de données réelles disponible, la précision de l’évaluation génomique en race pure et en croisement chez la poule pondeuse, puis à comparer la précision observée à celle prédite par des formules théoriques.
Le jeu de données est constitué des génotypes pour 600k SNP d’environ 2000 animaux de lignée pure, et des phénotypes portant sur une quinzaine de caractères de production et qualité d'œufs, pour 26 000 individus de lignée pure et 65 000 d’individus croisés.

Les objectifs de la thèse sont d’évaluer

• les résultats de la prédiction génomique sur les données réelles,
• les différences entre les données de race pure et les croisées,
• la corrélation entre les résultats théoriques et les observations réelles.

Proposer une stratégie de prédiction de la valeur génomique

La synthèse de l’ensemble des résultats devrait permettre d’améliorer la prédiction de la précision chez les oiseaux et, par la même, l’optimisation des schémas de sélection génomique avicoles.

David Picard-Druet travaille sur ce sujet de thèse depuis le 1er novembre 2016 pour une durée de 3 ans. Il est encadré par Pascale Le Roy dans l’équipe génétique et génomique.

Contact

david.picard-druet[at]inra.fr