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Dernière mise à jour : Mai 2018

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UMR1348 PEGASE

Exploration de données transcriptomiques pour l’identification de gènes régulateurs de type non-codants

Thèse : identification de gènes régulateurs de type non-codants
Identification chez la poule de gènes régulateurs de l’adiposité corporelle par des approches intégrées de génétique et d’analyse de données RNA-seq. Focus particulier sur les ARN long non codants.

Étude de la régulation du métabolisme des lipides chez la poule

Alors qu’il est bien connu que l’adiposité corporelle a une composante génétique, la liste des gènes régulant ce caractère est loin d’être connue. De nombreuses études portant sur ce caractère témoignent de l’importance de ce dernier que ce soit dans les domaines des productions animales (liés à l’efficience des animaux d’élevage) ou de la santé humaine (liée aux pathologies dues à l’obésité).

Dans ce contexte, l’objectif de la thèse est d’identifier des régulateurs du métabolisme des lipides, entre autres par l’analyse de données expressionnelles haut débit de type RNA-Seq en prenant pour modèle la poule. En effet, la poule est une espèce d’élevage d’intérêt économique majeure puisqu’elle est exportée et consommée dans tous les pays du monde.

Poule ©123RF-Branex

Analyses de données transcriptionnelles

Les données issues du séquençage des transcriptomes (RNA-seq) de deux tissus clés de la synthèse et du stockage des lipides (foie et tissu adipeux) permettront des explorations diverses :

  • la découverte récente de 3100 ARN longs non-codants à ce jour non décrits et 706 ARN messagers nouvellement modélisés. Ces découvertes s’inscrivent dans l’amélioration du répertoire des gènes et transcrits du génome poulet,
  • l’étude des expressions de l’intégralité des gènes codant et non codants référencés ou encore non référencés. Ces données étant issues de deux lignées de poulet de chair obtenues par sélection divergente basée sur le poids de gras abdominal, elles nous permettront d’étudier la régulation du métabolisme des lipides,
  • l’analyse des variants affectant les régions codantes du génome et qui auraient un impact fonctionnel sur la protéine ou sur l’expression d’autres gènes.
Structure secondaire d'un ARNlnc (image de LNCipedia)_coupé

Structure secondaire d'un ARNlnc

 

Kévin Muret travaille sur ce sujet de thèse dans le cadre d'une thèse co-financée par la région Bretagne et le département GA (génétique animale) de l’Inra depuis le 1er novembre 2015 et pour une durée de 3 ans. Il est encadré par Sandrine Lagarrigue dans l’équipe GG (génétique et génomique).

Contact

Kévin Muret, kevin.muret[at]rennes.inra.fr (doctorant)
Sandrine Lagarrigue, sandrine.lagarrigue[at]agrocampus-ouest.fr (directrice de thèse)