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Cette thèse est le fruit d’un partenariat entre l’unité OPAALE d' INRAE et l’unité SEL de l’ANSES. Son objectif scientifique est de caractériser la diversité génomique et la compétitivité dans le sol des souches de Listeria monocytogenes circulant dans les filières de valorisation des effluents d’élevage, afin d’évaluer l’impact éventuel de ces filières sur les flux de cette bactérie pathogène dans l’environnement agricole.

Cette étude s’inscrit dans la continuité de projets collaboratifs entre INRAE et l’ANSES (Fedelilas, CloDia, PathoGaz) et profite des expertises complémentaires de ces deux instituts.

Elle reposera sur,

• la caractérisation génomique de ces souches à l’aide d’outils bio-informatiques et la comparaison de la diversité avec celle observée en filières agro-alimentaires.
• l’étude de leur survie dans le sol ainsi que dans des matrices simulant les différentes étapes des procédés de valorisation des effluents, par des méthodes mises au point au sein de l’unité OPAALE.
• l’identification de marqueurs génétiques liés à la survie dans le sol, et la prédiction in silico de ce caractère par une approche de machine learning.

Cette thèse permettra d’élargir le spectre des pathogènes considérés dans l’évaluation de l’impact sanitaire du recyclage des déchets et des effluents organiques, une thématique portée par l’unité OPAALE.