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De part son importance majeure pour l’aquaculture et la pêche sportive et récréative, la truite arc-en-ciel Oncorhynchus mykiss est très répandue dans le monde. Elle est également l’un des modèles poissons les mieux étudiés dans des disciplines biomédicales aussi diverses que la recherche sur le cancer, la toxicologie, l’immunologie comparée, l’écologie, la physiologie, la nutrition, l’évolution et la biologie du développement. En raison de son intérêt économique et scientifique, de nombreuses ressources génomiques ont été développées chez cette espèce. Néanmoins, le séquençage complet de son génome n’a pas encore été initié. Ce projet, coordonné par des scientifiques affiliés à l’INRA, a pour but d’utiliser les nouvelles technologies de séquençage à haut débit pour produire une première séquence du génome de la truite arc-en-ciel. La séquence elle-même sera générée et annotée par le Centre National de Séquençage (CNS, Genoscope) en utilisant une combinaison de technologies 454-Roche Titanium (couverture de génome de 20x) et de séquençage d’extrémités appariées en Solexa-Illumina (couverture de génome de 50x), en association avec un minimum de séquences déjà obtenues par la méthode Sanger. Le génome séquencé sera celui d’un individu haploïde doublé, ceci facilitant l’assemblage dans le contexte complexe d’un génome partiellement tétraploïde. Cette séquence génomique permettra sans aucun doute de dynamiser l’identification moléculaire des caractères à intérêt économique et de développer l’utilisation de méthodes comme la sélection génomique assistée par marqueurs pour l’amélioration génétique des populations d’élevage. La séquence du génome de la truite sera également d’une grande utilité pour toutes les disciplines biomédicales utilisant cette espèce comme modèle, favorisant l’utilisation d’approches novatrices génétiques, génomiques, transcriptomiques et protéomiques pour l’analyse de multiples questions scientifiques..

Partenaires
Inra LPGP, Rennes (Coordinateur du projetYann Guigen)
Genoscope, UMR, CEA, Evry (Responsable scientifique Olivier Jaillon)
Inra, UMR Génétique Animale et Biologie Intégrative, Jouy-en-Josas (Responsable scientifiqueCarine Genêt)
ENS (Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon), Lyon (Responsable scientifiqueJean-Nicolas VOLFF)