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L’ovaire est un organe unique regroupant à la fois des tissus germinaux et somatiques indispensables à la fonction de reproduction. Il est aussi caractérisé par un processus de réarrangement important au cours du cycle de vie des femelles et de l’ovogenèse. Chez le médaka Oryzias latipes, comme chez d’autres poissons téléostéens, l’ovaire a été largement décrit en termes qualitatifs, mais les mécanismes de l’ovogenèse ont rarement été explorés dans un contexte tissulaire global. Il en résulte une compréhension réduite de la dynamique de l’ovogenèse, de sa régulation et leur implication dans le maintien de la fécondité, notamment chez des espèces possédant des intervalles de ponte courts et une période de reproduction prolongée comme le médaka. Afin d’apporter de nouveaux éléments de compréhension de la dynamique ovarienne, une méthode d’analyse exhaustive a été développée en combinant la transparisation des tissus, la microscopie confocale 3D et des algorithmes de deep-learning open source permettant l’extraction de données quantitatives, spatiales et morphologiques à partir d’ovaires entiers à différents stades de développement. Grâce à l’analyse de ces données, différents types de réserves folliculaires ont pu être identifiées lors de la maturation des femelles, ainsi que des étapes majeures de recrutement des follicules vers la croissance primaire et secondaire chez l’adulte en cours de reproduction. L’importance de ces mécanismes de recrutement pour la formation du batch de ponte et le contrôle du taux de fécondité normal a été mise en évidence par l’étude d’une lignée transgénique à fécondité réduite (miR-202-KO). Par ailleurs, l’identification précise des dérégulations chez le femelles miR-202-KO semble préciser un rôle de ce micro-ARN dans la régulation des recrutements folliculaires.