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Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes

Aude Rochefort

Le microbiote des graines de Brassica napus : assemblage, transmission et contribution à la réponse de la plante à un champignon pathogène du sol

Thèse débutée le 1er novembre 2017, soutenue le 26 novembre 2020
Financement : Métaprogramme MEM / Région Bretagne
Encadrant : Alain Sarniguet

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Résumé : 

Le microbiote des plantes peut moduler leur fitness. Comprendre les processus écologiques qui dirigent son assemblage est nécessaire pour promouvoir la croissance et la santé des plantes via la manipulation de sa composition. La graine et le sol sont les deux principaux réservoirs du microbiote de la plante et donc essentiels pour son assemblage. Dans cette thèse, nous avons montré que la structure du microbiote des graines de Brassica napus est surtout façonnée par l’environnement mais également par le génotype de l’hôte. Le produit de la coalescence des communautés des graines et du sol a été évalué avec des sols de diversité microbienne contrastée et des lots de graines distincts. Seule la diversité microbienne du sol module la structure du microbiote des racines et des tiges. Les plantules favorisent l’émergence de taxons rares issus des graines et du sol. L’influence de ces niveaux de diversité sur une maladie a été mesurée avec le champignon pathogène Rhizoctonia solani. Le sol de diversité élevée entraîne une réduction de maladie pour un lot de graines, révélant un rôle du microbiote des graines. Aucun lien entre le microbiote des graines, le microbiote des plantules et la maladie n’a pu être établi. La transmission de communautés synthétiques bactériennes a ensuite été mesurée.  Leur inoculation sur graines impacte la diversité du microbiote des plantules et la maladie. La connaissance de la coalescence, la transmission de taxons rares et l’utilisation de communautés synthétiques révèlent de nouveaux leviers de pilotage de l’assemblage du microbiote des plantules et la réduction de maladie.

Mots-clés : 

microbiote des graines, sol, coalescence, communautés synthétiques, culturomique, maladie fongique

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