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Thèse débutée en 2016, soutenue le 7 décembre 2018
Financement : MESR
Encadrants : Jean-Christophe Simon, Claire Lemaitre (IRISA), Christophe Mougel

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Résumé : 

Les interactions entre un hôte et sont microbiote sont omniprésentes, et jouent un rôle clé dans le fonctionnement de tous les organismes. L’essor des technologies de séquençage métagénomique permet de décrire ces associations avec une définition inégalée, et permet d’analyser la structure, la fonction et l’histoire évolutive de ces microbiotes. Cette thèse a pour objectif d’exploiter pleinement le potentiel de ces données dans le cas d’un insecte modèle dans l’étude des relations hôte-microbiote : le puceron du pois. Ses résultats s’inscrivent à la fois sur le plan de la biologie et du développement de nouvelles méthodes d’analyse des données métagénomiques. L’étude de données de reséquençage a d’abord permis la mise en évidence d’une diversité génomique insoupçonnée chez les symbiotes de cette insecte, qui résulte d’histoires évolutives variées. Dans un second temps, nous proposons une approche innovante pour l’assemblage de génomes à partir de données métagénomiques, qui s’appuie sur un génome de référence existant pour faciliter et accélérer l’assemblage. Cette méthode s’avère particulièrement adaptée à la reconstruction de variations structurales, comme illustré lors de l’assemblage de cassettes de virulence d’un bactériophage. Dans l’ensemble, ces travaux offrent des résultats inédits sur le microbiote du puceron du pois, et présente des outils susceptibles d’être appliqués à des systèmes plus complexes.

http://www.theses.fr/2018REN1B049

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