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Thèse soutenue le 17 octobre 2014
Encadrement : Régine Delourme

Résumé :

Toutes les espèces végétales cultivées sont des polyploïdes récents ou anciens et possèdent des génomes plus ou moins dupliqués. Suite à un évènement de polyploïdisation, des modifications structurales ou fonctionnelles conduisent à des contenus en gènes ou des régulations des copies des gènes différents entre les régions dupliquées. Ces événements peuvent être une source importante de diversification des gènes contrôlant les caractères complexes. Pour mieux comprendre le fonctionnement des facteurs génétiques contrôlant les caractères d'intérêt agronomique, il est donc nécessaire de les étudier en tenant compte des duplications présentes au sein du génome. Nous avons traité cette thématique chez le colza, une espèce au génome hautement dupliqué, avec l’objectif d’étudier l’impact des duplications sur l’organisation structurale et fonctionnelle des régions génomiques impliqués dans la résistance quantitative au Phoma. De nombreuses régions génomiques ont été identifiées confirmant la nature très polygénique de cette résistance. Leur distribution est quasi équivalente entre les génomes A et C du colza mais biaisée entre les sous-génomes issus de la triplication ancienne des Brassicas. Au moins 44% des régions génomiques correspondent à des régions homéologues dupliquées de cinq blocs synténiques d’Arabidopsis thaliana. L’analyse génomique comparative avec A. thaliana a montré que beaucoup des gènes maintenus dans plusieurs régions dupliquées sont impliqués dans la réponse au stress, ce qui converge avec les résultats obtenus dans d’autres espèces. La génomique comparative nous a également permis de dégager des hypothèses quant aux fonctions sous-jacentes aux régions impliquées dans la résistance quantitative du colza au Phoma.

https://www.theses.fr/188984615