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31326 Castanet Tolosan cedex - France

Dernière mise à jour : Mai 2021

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Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes

PoTStaR

PoTStaR : Stability of potato late blight resistance and identification of linked molecular markers (Ecophyto, 2017 – 2021)
  • Durée : 3,5 ans
  • Financement : Ecophyto
  • Pilote : Florence ESNAULT, INRAE UMR IGEPP
  • Budget IGEPP : 78 578 €
  • Contact : florence.esnault@inrae.fr
ARVALIS
BRETAGNE PLANTS
COMITE NORD
FN3PT
GERMICOPA
GROCEP

PoTStaR : Stability of potato late blight resistance and identification of linked molecular markers (Ecophyto, 2017 – 2021)

PoTStaR  Stabilité des résistances au mildiou de la pomme de terre et identification de marqueurs associés (Ecophyto, 2017 – 2021)

La pomme de terre joue un rôle clé dans le système alimentaire mondial. C’est la principale denrée alimentaire non céréalière du monde. Il s’agit aussi d’une culture qui présente un fort Indice de Fréquence de Traitement (IFT) total, dû principalement à l’utilisation de fongicides essentiellement liée à la lutte contre le mildiou causé par Phytophthora infestans.

Un certain nombre de gènes R de résistance au mildiou ont déjà été identifiés mais la plupart ont été rapidement contournés. Des facteurs de résistance partielle ont également été identifiés sur tous les chromosomes, avec des intervalles de confiance et des contributions à la variation du caractère très variables. L’évolution des souches de mildiou en termes de virulence, d’agressivité et de type sexuel a des répercussions sur le niveau de résistance des variétés qui ont été sélectionnées vis-à-vis de ce caractère.

Ainsi, le déterminisme complexe des résistances partielles devrait les rendre moins facilement contournables, donc plus durables et plus stables dans une grande diversité d’environnements. Toutefois elles paraissent difficilement sélectionnables sans l’utilisation de marqueurs. La génétique d’association est une stratégie adaptée pour développer ces résistances complexes et a déjà été utilisée avec succès chez la pomme de terre.

Les objectifs de ce projet sont d’identifier les déterminants génétiques impliqués dans la résistance plus stable (dans l’espace) et potentiellement plus durable au mildiou, et d’étudier les facteurs de cette stabilité. Le projet est basé sur une stratégie de génétique d’association génome complet appliquée à une collection de 282 géniteurs issus des programmes de recherche menés à INRAE Ploudaniel dont les résultats seront connectés à ceux d’un projet analogue mené sur une collection de 3 sélectionneurs français.

Cette collection sera évaluée vis-à-vis de la résistance au mildiou sur 5 sites situés dans différents bassins de production de pomme de terre et présentant des conditions climatiques contrastées. Des données de phénotypage issues d’essais antérieurs seront également exploitées. Les populations de Phytophthora infestans présentes au cours de ces expérimentations seront caractérisées d’un point de vue génétique ainsi que pour leur pouvoir pathogène. Des données climatologiques seront aussi collectées sur les sites d’expérimentation, permettant d’évaluer la pression d’inoculum.

Cette collection a déjà été génotypée avec la puce SolCAP  Potato qui comprend 8303 SNP. 

La FN3PT a conduit un travail similaire sur une collection de géniteurs représentant la diversité génétique exploitée par 3 sélectionneurs français. Cette collection a été génotypée avec la puce SolCAP étendue 12K et récemment phénotypée vis-à-vis du mildiou sur l’un des 5 sites du présent projet. Les résultats de ce travail pourront être utilisés pour évaluer la portabilité des marqueurs identifiés sur le matériel INRAE dans un fonds génétique plus représentatif des variétés modernes

Les acteurs de ce projet sont les généticiens et les pathologistes de l’UMR IGEPP, l’UE RGCO, la FN3PT (Fédération Nationale des Producteurs de Plants de Pomme de Terre), les 4 sélectionneurs français –et leurs partenaires pathologistes respectifs- de variétés de pomme de terre réunis au sein de l’Association de Créateurs de Variétés Nouvelles de Pommes de Terre (ACVNPT) et ARVALIS – Institut du Végétal.

Ce projet permettra d’obtenir une caractérisation phénotypique vis-à-vis du mildiou d’un panel représentatif de la diversité présente dans les collections Inra, et utilisée par les sélectionneurs français dans leurs programmes de création variétale. Des connaissances seront acquises sur la stabilité dans l’espace des facteurs de résistance au mildiou ainsi que leur impact sur les populations de pathogènes. Le projet débouchera également sur l’identification de marqueurs moléculaires associés à une résistance potentiellement plus durable qui pourront être utilisés pour réaliser de la SAM et cribler de nouvelles sources de résistance à P. infestans.

Publications

Esnault F, Le Bot M, Pellé R, Kermarrec MP, Abiven JM, Aurousseau F, Chatot C, Gravoueille JM, Dubreuil H, Marhadour S, Chauvin JE (2018) Multi-site evaluation for resistance to late blight of a collection of INRA improved breeding lines. 19th joint Meeting EAPR Breeding and Varietal Assessment and EUCARPIA Section Potatoes, Rostock-Warnemünde, Germany, December 3rd – 6th

Esnault_et_al_poster_EAPR2018

Mabon R., Guibert M., Esnault F., Pellé R., Chatot C., Saubeau G., Aurousseau F., Dewaegeneire P., Corbière R., Andrivon D., 2019. Structure and dynamics of Phytophthora infestans clonal populations as related to potato resistance. 17th EuroBlight Workshop, York, UK, 12-15 May 2019.

Poster_York_2019_MABON_VF

Pellé R, Kermarrec MP, Bousseau M, Cann MP, Abiven JM, Aurousseau F, Chatot C, Gravoueille JM, Dubreuil H, Marhadour S, Chauvin JE, Esnault F (2020) Stabilité des résistances au mildiou de la pomme de terre (Projet PoTStaR).  3ème Carrefour Plants de Pomme de terre ‘Vers une pomme de terre sans phyto?’, 14-15 octobre 2020, Paris. https://www.umt-innoplant.fr/Communication-Diffusion/Carrefour-2020

Projet PoTStaR – Stabilité des résistances au mildiou de la pomme de terre et identification de marqueurs associés. (2018) 4e Rendez-vous techniques de Villers 

Poster Arvalis 2018

Projet PoTStaR : stabilité des résistances variétales au mildiou (2021)  Potato Planet, N°86, p60-61.