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Dernière mise à jour : Mai 2021

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Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes

IdEvol

Evolution technologique pour l’identification des variétés de pomme de terre par marqueurs microsatellites en appui à la certification des plants (CASDAR, 2019 – 2022)
  • 3,5 year programme
  • Funding : CASDAR
  • Coordinator : Sylvie Marhadour (FN3PT – Inov3PT)
  • Budget IGEPP : 9729 €
  • Contact : sylvie.marhadour@inrae.fr

Web site : http://plantdepommedeterre.org/index/identification-varietale-ideale-et-projet-idevol

IdEvol :  Evolution technologique pour l’identification des variétés de pomme de terre par marqueurs microsatellites en appui à la certification des plants (CASDAR, 2019 – 2022)

Dans le schéma de certification des plants de pomme de terre, l’identification des variétés par marqueurs microsatellites (SSR) est un élément important. En combinaison avec les inspections visuelles officielles en production et le champ de conformité des souches organisé chaque année sous l’égide du SOC(Service Officiel de Contrôle), la procédure fait partie du champ d’agrément des laboratoires agréés par la DGAL (Direction Générale de l’Alimentation) et fournissant les résultats d’analyse au SOC dans le cadre de la certification. Un réseau de cinq laboratoires, coordonné par la FN3PT, utilise une procédure et une base de données (IdeAle) communes dans le cadre des analyses officielles pour la certification des plants mais aussi pour des analyses ponctuelles pour des acteurs publics et privés. Les contrôles variétaux faits lors des études conduites par le CTPS sont également effectués dans l’un des laboratoires du réseau.

La procédure commune est cependant peu adaptée à la gestion de grands effectifs et pourrait être techniquement améliorée en particulier pour limiter l’exposition aux produits nocifs. Nous souhaitons aussi conforter le système avec des marqueurs supplémentaires.

En 2017, le réseau a entrepris une analyse de transférabilité qui a conduit à l’identification du Qiaxcel Advanced. Cet instrument parait adapté à nos besoins (moyen débit, facilité de manipulations). Les premières données expérimentales montrent des résultats intéressants mais nécessitent d’être complétés. Il faut notamment s’assurer que les données préexistantes soient utilisables (plus d’un millier de variétés référencées), analyser la reproductibilité inter laboratoires des marqueurs sur le nouveau système et générer des données complémentaires avec de nouveaux marqueurs.

Objectifs : 

  • Améliorer la réactivité des laboratoires agréés réalisant les analyses officielles dans le cadre de la certification ainsi que celle des laboratoires partenaires, en permettant l’obtention plus rapide de données,
  • Renforcer le dispositif en ajoutant des marqueurs dans le système,
  • Réduire les risques encourus par les opérateurs dans la réalisation des analyses (produits nocifs)
  • Réduire l’impact sur l’environnement par la réduction des déchets produits.

Pour cela nous proposons une approche collaborative incluant l’identification des facteurs ayant le plus d’impact sur la résolution des profils, l’évaluation d’un protocole impliquant d’emblée plusieurs laboratoires de façon à s’assurer de la robustesse de la nouvelle procédure ainsi que la génération des nouvelles données par répartition des analyses entre les laboratoires.