En savoir plus

Notre utilisation de cookies

« Cookies » désigne un ensemble d’informations déposées dans le terminal de l’utilisateur lorsque celui-ci navigue sur un site web. Il s’agit d’un fichier contenant notamment un identifiant sous forme de numéro, le nom du serveur qui l’a déposé et éventuellement une date d’expiration. Grâce aux cookies, des informations sur votre visite, notamment votre langue de prédilection et d'autres paramètres, sont enregistrées sur le site web. Cela peut faciliter votre visite suivante sur ce site et renforcer l'utilité de ce dernier pour vous.

Afin d’améliorer votre expérience, nous utilisons des cookies pour conserver certaines informations de connexion et fournir une navigation sûre, collecter des statistiques en vue d’optimiser les fonctionnalités du site. Afin de voir précisément tous les cookies que nous utilisons, nous vous invitons à télécharger « Ghostery », une extension gratuite pour navigateurs permettant de les détecter et, dans certains cas, de les bloquer.

Ghostery est disponible gratuitement à cette adresse : https://www.ghostery.com/fr/products/

Vous pouvez également consulter le site de la CNIL afin d’apprendre à paramétrer votre navigateur pour contrôler les dépôts de cookies sur votre terminal.

S’agissant des cookies publicitaires déposés par des tiers, vous pouvez également vous connecter au site http://www.youronlinechoices.com/fr/controler-ses-cookies/, proposé par les professionnels de la publicité digitale regroupés au sein de l’association européenne EDAA (European Digital Advertising Alliance). Vous pourrez ainsi refuser ou accepter les cookies utilisés par les adhérents de l'EDAA.

Il est par ailleurs possible de s’opposer à certains cookies tiers directement auprès des éditeurs :

Catégorie de cookie

Moyens de désactivation

Cookies analytiques et de performance

Realytics
Google Analytics
Spoteffects
Optimizely

Cookies de ciblage ou publicitaires

DoubleClick
Mediarithmics

Les différents types de cookies pouvant être utilisés sur nos sites internet sont les suivants :

Cookies obligatoires

Cookies fonctionnels

Cookies sociaux et publicitaires

Ces cookies sont nécessaires au bon fonctionnement du site, ils ne peuvent pas être désactivés. Ils nous sont utiles pour vous fournir une connexion sécuritaire et assurer la disponibilité a minima de notre site internet.

Ces cookies nous permettent d’analyser l’utilisation du site afin de pouvoir en mesurer et en améliorer la performance. Ils nous permettent par exemple de conserver vos informations de connexion et d’afficher de façon plus cohérente les différents modules de notre site.

Ces cookies sont utilisés par des agences de publicité (par exemple Google) et par des réseaux sociaux (par exemple LinkedIn et Facebook) et autorisent notamment le partage des pages sur les réseaux sociaux, la publication de commentaires, la diffusion (sur notre site ou non) de publicités adaptées à vos centres d’intérêt.

Sur nos CMS EZPublish, il s’agit des cookies sessions CAS et PHP et du cookie New Relic pour le monitoring (IP, délais de réponse).

Ces cookies sont supprimés à la fin de la session (déconnexion ou fermeture du navigateur)

Sur nos CMS EZPublish, il s’agit du cookie XiTi pour la mesure d’audience. La société AT Internet est notre sous-traitant et conserve les informations (IP, date et heure de connexion, durée de connexion, pages consultées) 6 mois.

Sur nos CMS EZPublish, il n’y a pas de cookie de ce type.

Pour obtenir plus d’informations concernant les cookies que nous utilisons, vous pouvez vous adresser au Déléguée Informatique et Libertés de l’INRA par email à cil-dpo@inra.fr ou par courrier à :

INRA
24, chemin de Borde Rouge –Auzeville – CS52627
31326 Castanet Tolosan cedex - France

Dernière mise à jour : Mai 2018

Menu Logo Principal Institut Agro Rennes Angers Univ R1 Logo Igepp

Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes

Proposition de stage de Master2 - janvier à juin 2022

Stage de Master 2
Etude transcriptomique des gènes impliqués dans l’adaptation des nématodes aux résistances végétales.

INRAE (Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’alimentation et l’Environnement)
UMR IGEPP 
Domaine de la Motte, Le Rheu (35653).

Encadrement : 

  • Responsable du stage : Josselin MONTARRY, chercheur INRAE

UMR 1349 IGEPP 35653 Le Rheu cedex
Tel : +33 2 23 48 51 59 - josselin.montarry@inrae.fr

  • Co-Responsable du stage : Stéphanie DAVAL, chercheuse INRAE

UMR 1349 IGEPP 35653 Le Rheu cedex
Tel : +33 2 23 48 70 78 - stephanie.daval@inrae.fr

Titre du stage 

Etude transcriptomique des gènes impliqués dans l’adaptation des nématodes aux résistances végétales.

Résumé du projet de stage

Le nématode à kyste de la pomme de terre, Globodera pallida, constitue un problème phytosanitaire majeur et les dernières substances chimiques efficaces qui permettaient de désinfecter les sols et de lutter contre ce nématode sont aujourd’hui totalement interdites d’utilisation. La principale solution alternative est l’utilisation de variétés de pomme de terre résistantes. Mais toutes les variétés résistantes à G. pallida ont le même facteur de résistance et des premières populations virulentes (capables de se multiplier sur ces variétés) ont été détectées dans des champs en Allemagne puis aux Pays-Bas.

Afin de définir des stratégies optimales de gestion durable des résistances, il est aujourd’hui nécessaire d’identifier les gènes du nématode impliqués dans l’adaptation de G. pallida. Par une approche d’évolution expérimentale, qui a consisté à confronter une population de G. pallida à une variété de pomme de terre résistante (Iledher) ou à une variété sensible (Désirée) pendant 8 générations successives, nous avons obtenu au laboratoire des lignées virulentes et avirulentes ; lignées qui seront utilisées lors du stage pour identifier par une approche de RNAseq les gènes impliqués dans l’adaptation du nématode.

Les transcriptomes de 4 lignées virulentes et de 4 lignées avirulentes seront produits par RNAseq à l’automne 2021 (40 millions de reads pairés Illumina en 2*150 pb par échantillon), et les ressources génomiques nécessaires aux analyses des données (génome, transcriptome et annotations de référence) sont disponibles. Les objectifs du stage seront d’identifier les gènes différentiellement exprimés entre les lignées capables ou non de se multiplier sur la variété résistante et d’étudier les variations de séquences des transcrits. Les voies biologiques enrichies par les listes de gènes différentiellement exprimés seront également mises en évidence. Les gènes identifiés seront mappés sur le génome de référence afin de confronter les résultats de transcriptomique à des résultats antérieurs de génomique, issus d’une approche de genome scan qui a permis d’identifier des régions génomiques candidates (Eoche-Bosy et al 2017 Mol. Ecol. 26: 4700-4711). Les lignées seront également phénotypées en boite de Petri afin de quantifier leur niveau de virulence et de tester les corrélations entre le niveau d’expression des gènes candidats et le niveau de virulence des lignées.

Les résultats produits serviront à terme au développement d’un outil moléculaire permettant de détecter de nouvelles populations virulentes (épidémio-surveillance) et de suivre la fréquence des allèles de virulence dans des populations confrontées à différentes stratégies de gestion.

L’étudiant recherché devra avoir des compétences en bio-informatique mais être également intéressé par l’expérimentation biologique. Il aura éventuellement l’opportunité de continuer en thèse, puisqu’un sujet sur la génomique de l’adaptation de G. pallida à différents facteurs et combinaisons de facteurs de résistance est déposé pour financement INRAE-Région Bretagne.

Montant de l’indemnisation de stage selon la législation en vigueur à INRAE, soit approximativement 570€ par mois.